Hij behoort tot de top van Osama bin Ladens al-Qaida-terreurnetwerk en houdt zich waarschijnlijk verborgen in Pakistan of in Afghanistan.

Khalid Sheikh Mohammed is naar alle waarschijnlijkheid familie van Ramzi Ahmed Yousef, die de aanslag op het World Trade Center in New York in 1993 coördineerde. Yousef plande twee jaar later aanslagen op een aantal Amerikaanse vliegtuigen die op lijndiensten tussen de VS en Azië vlogen. Dat plan werd echter verijdeld doordat de Filipijnse autoriteiten een van Yousefs handlangers arresteerden. Daarbij werd ook beslag gelegd op de laptop van Yousef.

Onderzoek van de harde schijf van de laptop onthulde alle details van de geplande aanslagen op Amerikaanse vliegtuigen. Men was van plan directe aanslagen te plegen of de vliegtuigen te kapen en vervolgens als bommen te gebruiken om daarmee een aantal prominente Amerikaanse gebouwen te vernietigen. Yousef werd kort daarop gearresteerd en uitgeleverd aan de VS. Daar kreeg hij levenslang wegens de geplande aanslagen en wegens zijn leidende rol in de aanslag op het WTC in 1993.

De relatie tussen Khalid Sheikh Mohammed en Ramzi Ahmed Yousef ’bewijst’ volgens Amerikaanse zegslieden onomstotelijk dat de WTC-aanslag van 1993 ook was geïnspireerd door het al-Qaida-netwerk van Bin Laden. Mohammed zou binnen al-Qaida de positie innemen van operationele chef, direct onder Bin Laden en diens secondanten zoals de Egyptenaar Ayman al-Zawahiri, de Palestijn Abu Zubaydah, die door de Amerikanen wordt vastgehouden, en de militaire chef Mohammed Atef, die omgekomen zou zijn bij Amerikaanse bombardementen in Afghanistan.

Khalid Sheikh Mohammed was volgens de Amerikanen ook betrokken bij de WTC-aanslag van ’93 en eerdergenoemde geplande aanslagen op Amerikaanse vliegtuigen in ’95. In de planning van de septemberaanslagen zou hij voor het eerst een coördinerende en leidende rol hebben gespeeld.