Dat blijkt uit een voorlopig rapport, dat maandag door hoofdonderzoeker Akrivos Tsolakis werd gepresenteerd aan het ministerie van Verkeer. Tsolakis en zijn team hebben de vluchtrecorders van het toestel onderzocht en autopsie laten verrichten op alle 118 geborgen lichamen van slachtoffers. In totaal kwamen 121 mensen bij de crash om het leven; drie lichamen zijn nooit teruggevonden.

De onderzoekers stellen dat de motoren van het toestel stilvielen doordat zij geen brandstof meer kregen aangeleverd. Dit wordt „de uiteindelijke oorzaak van het ongeluk” genoemd. Daarnaast wordt gemeld dat er aanwijzingen zijn voor technische problemen met de luchtdruk in het toestel.

Verder zijn er aanwijzingen dat de piloot en de copiloot van de Boeing 737-300 niet langer meer in staat waren hun werk te doen en dat een derde persoon had geprobeerd het toestel te besturen. Aangenomen wordt dat dit de steward Andreas Prodromou was, wiens bloed in de cockpit werd aangetroffen. Prodromou kreeg ooit vliegles.

In de tien minuten voordat het toestel neerstortte, deed een inzittende tweemaal een noodoproep, zei Tsolakis. De laatste keer was een paar seconden voor het ongeluk. De stem van de man, waarschijnlijk Prodromou, was volgens Tsolakis duidelijk verzwakt. De eerste keer riep hij drie keer „Mayday”, maar de radioverbinding was waarschijnlijk afgestemd op de verkeerde frequentie.

Een voormalig Helios-monteur zei eerder dat in de cabine van hetzelfde toestel tijdens een vlucht van afgelopen december luchtdrukverlies was geconstateerd, kennelijk doordat een deur niet goed was afgesloten.

Twee Griekse gevechtsvliegtuigen escorteerden het toestel kort voordat dit op zondag 14 augustus neerstortte. De piloten meldden dat zij hadden gezien dat de copiloot van het toestel ineengezakt over het besturingspaneel hing, kennelijk buiten bewustzijn, en dat de piloot niet in de cockpit was. In het passagiersgedeelte bungelden zuurstofmaskers.

Minister van Openbare Veiligheid Giorgos Voulgarakis herhaalde zondag nadrukkelijk dat het toestel niet door de gevechtstoestellen is neergeschoten. Voulgarakis erkende dat dit hoogstwaarschijnlijk wel het geval was geweest als het incident zich had voorgedaan tijdens de Olympische Spelen.