Lozingen van polderwater dragen sterk bij aan de problemen, maken ecologen duidelijk in een analyse voor Rijkswaterstaat. Het geloosde zoetwater in de afgesloten zeearm bevat veel voedingsstoffen, waardoor algen en bepaalde wieren snel groeien en het zuurstofgehalte verder daalt.

„In het Veerse Meer is de concentratie stikstof twee keer zo hoog en fosfor ruim drie keer zo hoog als in de Oosterschelde”, schetsen de onderzoekers. Ze noemen het „belangrijk om het onderliggende probleem aan te pakken”. Dat zou bijvoorbeeld kunnen door polderwater niet meer het meer in te pompen, maar binnen de dijken bergingsgebieden in te richten.

Sinds 2004 wordt aan de oostkant van het meer zout water binnengelaten vanuit de Oosterschelde. Die uitwisseling heeft een gunstige invloed en zou met een kwart kunnen toenemen door een gelijk waterpeil aan te houden. Ook de aanleg van natuurvriendelijke oevers kan verbetering geven. Toch is een echt gezond ecosysteem zelfs met zulke maatregelen nog niet binnen bereik.

Een bijkomend probleem is klimaatverandering. In warmer water doen juist de uitheemse soorten die problemen veroorzaken het goed.

De slechte toestand van het meer komt niet alleen door invloeden van buitenaf. Ook uit slib op de bodem komt fosfor los. Daar kan mogelijk iets aan worden gedaan door het af te dekken, of door het fosfor te laten binden aan een andere stof.