Mustafa maakte deel uit van het Kosovo Bevrijdingsleger (UCK), dat eind jaren negentig tegen Servië vocht voor onafhankelijkheid. Hij was schuldig bevonden aan het runnen van een martelgevangenis. Daar zouden gedetineerden ernstig zijn mishandeld.

De voormalige rebellencommandant heeft de beschuldigingen tegengesproken. Hij stelde dat het beeld van aanklagers schetsten weinig gemeen had met de realiteit. Zijn advocaten wilden dat de veroordeling zou worden ingetrokken, maar daar ging het hof niet in mee.

Het tribunaal oordeelde wel dat de straf van Mustafa te hoog was uitgevallen. In vergelijkbare zaken zouden lagere straffen zijn opgelegd. De veroordeling van Mustafa werd destijds omschreven als een mijlpaal, omdat het de eerste keer was dat het hof iemand veroordeelde voor oorlogsmisdrijven.