Bashir zou een rol hebben gespeeld in de aanslagen die in 2002 en 2003 werden gepleegd op twee discotheken op Bali en op het Marriott-hotel in Jakarta. Het openbaar ministerie had levenslang kunnen eisen.

Bashir wordt ervan verdacht als leider van de terreurgroep Jemaah Islamiyah zijn volgelingen ertoe te hebben aangezet de aanslagen te plegen. Bashir, wiens proces in november begon, ontkent dat hij iets met Jemaah Islamiyah te maken heeft. Slechts een van de vele getuigen die zijn gehoord, heeft hem aangewezen als leider van de groep. Dit is waarschijnlijk de reden dat de officier van justitie slechts acht jaar tegen hem eiste.

Bashir werd kort na de aanslagen op Bali, waarbij 202 doden vielen, gearresteerd en voor de rechter gebracht, maar hij werd toen slechts veroordeeld voor het overtreden van de immigratieregels. Toen hij in april vorig jaar zijn straf had uitgezeten, werd hij onmiddellijk weer aangehouden, omdat er nieuwe bewijzen zouden zijn van betrokkenheid bij de aanslagen. Toen de aanslag op het Marriott-hotel werd gepleegd, zat hij overigens in de gevangenis.