Khan wordt gezien als de spil in een omvangrijke internationale zwarte markt in nucleair materiaal. De atoomgeleerde zit in huisarrest sinds hij in februari 2004 bekende technologie te hebben verkocht aan Iran, Libië en Noord–Korea. De Pakistaanse regering houdt vol op geen enkele manier betrokken te zijn geweest bij de illegale handel, waarmee Khan een fortuin van, volgens Time, ruim 310 miljoen euro verdiend heeft. Het handelsnetwerk is bovendien ontmanteld, volgens Islamabad.

„Voor zover wij weten heeft hij aan geen enkel ander land nucleaire technologie gegeven. Als dat toch het geval blijkt te zijn, zullen we het onderzoeken", zei de Pakistaanse minister van informatie sjeik Rashid Ahmed. „Als we vragen hebben voor meneer Khan, zullen we die stellen." Hij sloot uit dat Khan, in eigen land een held omdat hij de Pakistaanse atoombom ontwikkelde, voor verhoor wordt uitgeleverd aan een ander land.