Nikolic is de ’verdachte nummer 1’ van het tribunaal: toenmalig hoofdaanklager Richard Goldstone vaardigde in november 1994 de allereerste aanklacht van het tribunaal uit tegen Nikolic. Jaren later zei de Zuid–Afrikaan in een interview met persbureau SENSE dat hij toen van ’New York’ wel met zijn eerste aanklacht moest komen. Anders hadden de VN hem voor 1995 geen begroting gegeven.

Nikolic was in 1992 enkele maanden commandant van kamp Susica in Oost–Bosnië, niet ver van Srebrenica. Daar werden moslims gemarteld, verkracht en vermoord. Nikolic bezigde toen volgens overlevenden uitspraken als „Ik ben God, de knuppel en de wet".

Nikolic werd in april 2000 opgepakt door SFOR, de toenmalige internationale vredesmacht in Bosnië, die door de NAVO werd geleid. Nadat hij naar Den Haag was overgebracht, probeerde hij zijn arrestatie aan te vechten door te stellen dat hij uit Servië was ontvoerd.

Na jarenlang geharrewar om de vermeende illegale arrestatie veranderde Nikolic in april 2003 radicaal van koers. Hij legde een omvangrijke schuldbekentenis af en trok het bezwaar tegen zijn aanhouding in. Hij sloot een akkoord met de aanklagers en bekende moord, marteling, verkrachting en etnische vervolging. Hij biechtte details op en bekende betrokkenheid bij negen moorden. Zo had hij gevangene Galib Music een week lang elke dag met een metalen buis geslagen tot die bewusteloos was. Na een week van mishandelingen overleed de 60–jarige Music.

Als onderdeel van de overeenkomst met de verdediging eisten de VN–aanklagers slechts vijftien jaar cel voor Nikolic. De rechters vonden dat echter, gelet op de ernst van de feiten, niet genoeg en veroordeelden Nikolic in december 2003 tot 23 jaar cel.

Nikolic hoopt in hoger beroep alsnog een lagere straf te krijgen. Bij de behandeling van zijn zaak door de beroepsrechters toonde hij in november 2004 diep berouw. Ook bood hij aan slachtoffers te ontmoeten en nabestaanden te helpen stoffelijke overschotten te vinden.