De vorig jaar gekozen europarlementariër Van Buitenen had eind 2004 gezegd aanwijzingen te hebben dat Kroes betrokken was bij een smeergeldaffaire in Indonesië. Ook zou ze vriendjespolitiek hebben bedreven bij verkoopgesprekken over twee fregatten. Van Buitenen moest toen aan Kroes toegeven dat hij geen harde bewijzen had.

Kroes is het oneens met de aanpak van Van Buitenen. „Hij had destijds vragen gesteld over mij zonder me eerst te raadplegen. Dat is niet mijn aanpak. Als je iets wilt weten, kun je het best eerst bij de bron zelf te rade gaan", zei Kroes. Of Van Buitenen in het gesprek veel antwoorden heeft gekregen, wil Kroes niet zeggen.

Tijdens de recente ontmoeting in Kroes’ kantoor heeft Van Buitenen herhaald spijt te hebben van zijn kritische persconferentie. Hij had zich toen „door journalisten laten verleiden te veel in detail te treden", aldus zijn woordvoerder.

Van Buitenen heeft zijn bevindingen over Kroes inmiddels voorgelegd aan een forensisch expert. Deze strafrechtelijk deskundige bekijkt of de aanwijzingen hard genoeg zijn als bewijs. Van Buitenen heeft Kroes toegezegd haar als eerste te informeren over het advies van de expert. Ook zal hij een negatieve uitkomst publiekelijk bekendmaken, aldus zijn woordvoerder.