Hoofdzakelijk gaat het debat over hoe de miljarden besteed worden. Partijen vrezen dat de doelen niet duidelijk genoeg zijn, waardoor het geld niet op de juiste plekken terechtkomt. Vanuit de Kamer zijn meerdere voorstellen gedaan om de wet aan te passen, zodat dit in hun ogen beter geborgd is. Mede daardoor werd drie weken geleden tot opschorting besloten: het beoordelen van de voorstellen zou veel tijd kosten, waardoor het debat tot diep in de nacht zou voortduren.

Oppositiepartijen stellen het kabinet in feite voor een keuze. GroenLinks en PvdA willen niet dat geld besteed wordt aan plannen waarmee alleen winst op het gebied van stikstof wordt behaald. Ook klimaat en waterkwaliteit moeten profiteren van de investeringen, aldus de linkse partijen. De BBB wil juist het tegenovergestelde: de partij van Caroline van der Plas wil niet dat het fonds een soort „duizenddingendoekje” wordt waarmee te veel problemen opgelost moeten worden. Als het geld ook voor klimaat of water uitgetrokken wordt, dan vindt zij dat de ministeries van Rob Jetten (Klimaat) en Mark Harbers (Waterstaat) moeten bijdragen.

Ook kwam de deadline voor het halen van de stikstofdoelen ter sprake, iets wat nu zeer beladen is in Den Haag. Het kabinet wil die deadline vervroegen van 2035 naar 2030, maar het CDA heeft al aangegeven hier later over te willen heronderhandelen. In de begeleidende tekst van de wet voor het stikstoffonds wordt ook al gesproken over 2030.

Het leidde een paar weken voor het debat tot een motie van wantrouwen tegen het kabinet, omdat vrijwel de hele oppositie het onbestaanbaar vindt dat de regering hier nu geen duidelijkheid over geeft. Ook tijdens het debat over het stikstoffonds werd het CDA verweten geen duidelijkheid te verschaffen. Volgens PvdA’er Joris Thijssen „gijzelt” het CDA hiermee de stikstofdiscussie.