Hij werd gearresteerd en voorgeleid voor een rechtbank in New York. Hij pleitte onschuldig en kwam na het voldoen van een borgsom van 500.000 dollar vrij. Als hij wordt veroordeeld kan hij tot twintig jaar celstraf krijgen.

Santos heeft zich schuldig gemaakt aan crimineel gedrag met de bedoeling het Amerikaanse publiek te misleiden en op te lichten, aldus de aanklagers. Zo zou hij een werkloosheidsuitkering hebben aangevraagd en ontvangen terwijl hij werk had en zich kandidaat stelde voor het Huis van Afgevaardigden van het Congres. Later stak hij campagnebijdragen in eigen zak en gebruikte hij dat geld om persoonlijke schulden af te lossen en merkkleding te kopen, aldus justitie.

CNN had eerder al geschreven dat Santos zou worden vervolgd. Kort na zijn verkiezing in het Huis in november, onthulden The New York Times en andere media dat Santos over bijna elk aspect van zijn persoonlijke en professionele geschiedenis had gelogen. Ook daarvoor wordt hij vervolgd.

Begin maart opende de commissie van het Amerikaanse parlement een onderzoek naar de Republikein, die toen al maanden onder vuur lag wegens liegen tijdens zijn campagne. Het gaat de commissie om het overtreden van financiële regels en het achterhouden van informatie. Bovendien wordt onderzocht of Santos zich schuldig heeft gemaakt aan seksueel wangedrag.