Het gedeelte met de toren en de voorste meters van het voormalige schip zijn nog in eigendom van de Andreasparochie. Zij gaat er in overleg met een architect een devotiekapel inrichten, die doordeweeks geopend is. In de kapel kunnen ook vieringen worden gehouden met maximaal vijftig personen.

Het kerkgebouw is een gemeentelijk monument. Januari 2021 werd er de laatste eucharistieviering gehouden. Terugloop in kerkbezoek heeft ertoe geleid dat de streekparochie kerkgebouwen heeft afgestoten, waaronder de kerk in Sluis.

De kerk in laat-neogotische stijl werd in de periode 1920-1927 gebouwd. Ze verving een negentiende-eeuwse voorganger. Bij de Slag om de Schelde in 1944 werd de kerk zwaar beschadigd. In 1949 is ze herbouwd, grotendeels in oorspronkelijke stijl. De toren werd wel flink ingekort.

In de stad Sluis is de Johannes de Doperkerk nog het enige kerkgebouw. De hervormde kerk werd in 1944 door bombardementen verwoest. Een nieuwe kerk, die in 1950 in gebruik werd genomen, is in 1998 gesloopt. Een bescheiden kerkcentrum in het appartementencomplex dat er werd gebouwd kwam daarvoor in de plaats.