De kerk was aan groot onderhoud toe. De laatste renovatie werd eind negentiende eeuw uitgevoerd. Aan de buitenzijde zijn gevel, kap en dakgoten grondig onder handen genomen. Steunberen zijn ontmanteld en opnieuw geplaatst. In de kerk is vloerverwarming aangebracht, de vloer is geëgaliseerd. Ook de gewelven zijn hersteld. Stucwerk en schilderingen zijn schoongemaakt. Kwetsbare laatmiddeleeuwse muurschilderingen zijn geconserveerd.

Sinds 2015 is de kerk in handen van Stichting Academiehuis Grote Kerk Zwolle. Zij is verantwoordelijk voor behoud, ontwikkeling en exploitatie van het kerkgebouw en organiseert en faciliteert culturele, educatieve en spirituele activiteiten. Om die mogelijk te maken is de kerk in 2019 verbouwd. Onder meer maakten de kerkbanken plaats voor stoelen. Voor de restauratie ontving de stichting 3,5 miljoen euro aan rijkssubsidie. Daar moest zij 1,3 miljoen bij leggen.

Tijdens archeologisch onderzoek is een muur van de romaanse voorganger van de Grote Kerk ontdekt. Uit oude geschriften van de bisschop van Utrecht blijkt dat deze romaanse kerk vóór 1040 gebouwd is. Ook werd een grafkelder blootgelegd. Die behoort toe aan het oude Overijsselse adellijke geslacht Van Haersolte.

Pronkstukken in de kerk zijn de houten preekstoel uit 1617-1622, het koorhek uit 1597 en het Schnitger-orgel uit 1718-1721. Dit grootste originele barokorgel van Europa krijgt momenteel ook een herstelbeurt. De restauratie van de pijpen duurt tot 2025.