De Australische rechter veroordeelde Pell in 2019 voor het seksueel misbruik van twee koorknapen in de jaren 90. Hij kreeg daarvoor zes jaar cel. Pell heeft altijd ontkend schuldig te zijn. Hij ging in beroep, werd weer veroordeeld, maar uiteindelijk stelde de Hoge Raad in 2020 dat er geen steekhoudend bewijs voor het misbruik was. Pell werd vrijgesproken. Hij bracht uiteindelijk dertien maanden in de gevangenis door.

Een onderzoekscommissie die onderzoek deed naar misbruik in de Rooms-Katholieke Kerk in Australië concludeerde eerder dat Pell op de hoogte moet zijn geweest van misbruik binnen de kerk. Ook die uitspraak „verraste” Pell, zo zei hij.

Pell diende van 2014 tot zijn rechtszaak in 2017 als minister van economie in het Vaticaan. Hij woonde sinds zijn vrijspraak in Rome.