De 38–jarige Munir overleed op 7 september aan boord van een Garuda–vliegtuig tussen Jakarta en Amsterdam. Het Nederlandse Forensisch Instituut (NFI) stelde later vast dat Munir is gestorven door een arseenvergiftiging. Vrienden van Munir vrezen dat hij is vergiftigd door het Indonesische leger.

Vooral bij partijen als GroenLinks en SP bestaan er grote twijfels over de inzet van de Indonesische regering. Bot gaf aan dat de Nederlandse ambassadeur ter plekke de zaak op de voet zal volgen. „We gaan niet als gekke Jopie aan de kant staan. Bij de geringste twijfel dat toezeggingen niet worden nagekomen, zullen we meteen maatregelen nemen." Als bewijs dat Indonesië de zaak serieus oppakt, wees Bot op het contact dat er vorige week was tussen de Indonesische president Susilo Bambang Yudhoyono en de weduwe van Munir.

De Kamer gaf dinsdag tijdens het spoeddebat aan dat de zaak wel lang duurt. Minister Donner (Justitie) weersprak dat. Volgens hem is er „optimaal" informatie naar de Indonesische autoriteiten doorgespeeld. Bovendien, zo zei hij, bestaat er voor Nederland geen rechtsmacht in deze zaak omdat Munir boven het grondgebied van Roemenië is overleden.

Munir was een prominent en actief voorvechter van de mensenrechten in Indonesië. Hij was al eerder doelwit van aanslagen. Munir was op uitnodiging van de interkerkelijke ontwikkelingsorganisatie ICCO onderweg naar Nederland.

Volgens Donner is er meteen sectie op het lichaam verricht. Tijdens het onderzoek werd arseen aangetroffen wat volgens de CDA–minister nieuw onderzoek nodig maakte. Toen begin november de vergiftiging was vastgesteld is Indonesië ingelicht. Het is volgens Donner dan aan de Indonesische autoriteiten om de familie vervolgens erbij te betrekken. Volgens hem heeft de familie inzage in het autopsierapport gekregen.

De verslagen van verhoren van passagiers van het vliegtuig wil Donner vooralsnog niet aan Indonesië geven. Eerst wil hij de garantie dat die informatie niet leidt tot het opleggen of uitvoeren van de doodstraf.