Volgens Faiza Oulahsen, hoofd Klimaat en Energie bij Greenpeace Nederland, lijkt het „alsof Rutte en Kaag geen flauw benul hebben van de urgentie van de stikstofcrisis. Stikstof wordt amper genoemd. Dit is volstrekt niet acceptabel”. Ook Natuur & Milieu vindt het „onbegrijpelijk en onaanvaardbaar dat de stikstofcrisis en natuurherstel niet terug komen in het plan”. „Na al die maanden onderhandelen, zonder enige actie op dit gebied, had dit een prominent hoofdstuk moeten zijn.”

De stikstofcrisis wordt in het formatiedocument alleen terloops genoemd als een van de „grote vraagstukken” waar Nederland de komende jaren voor staat, en waarin de overheid volgens de partijen meer de regie moet nemen. De grootste stikstofvervuiler, de landbouw, komt in het verhaal helemaal niet voor.

Milieudefensie mist dan ook „een rechtvaardig klimaatbeleid in dit document. Iedereen moet kunnen profiteren van de groene economie maar in dit document worden grote vervuilers weer uit de wind gehouden”.