Volgens de Election Protection Coalition, een onafhankelijke vereniging van verkiezingswaarnemers die een klachtenlijn had ingesteld, verklaarden tientallen kiezers in een zestal staten dat de verkeerde kandidaten op de ”touch screen”-stemcomputers verschenen. In veel gevallen hadden kiezers naar eigen zeggen aanvankelijk op de Democraat John Kerry gestemd, maar verscheen bij het bevestigen van hun stem George Bush als hun voorkeur op het scherm.

Computerdeskundigen hadden vooraf al gewaarschuwd voor problemen met de stemcomputers, die volgens hen kwetsbaar zijn voor hackers, kunnen blokkeren of anderszins in de fout kunnen gaan. Bijna een op de drie kiezers, onder wie ongeveer de helft van de kiezers in Florida, maakte gebruik van stemmachines.

Kiezers in Florida klaagden dat zij soms wel tien pogingen nodig hadden om hun stem op Kerry uit te brengen. Roberta Harvey uit Clearwater in Florida had een doekje nodig om het touch-screen schoon te maken en de achterkant van een potlood om haar stem uit te brengen op de computer.

Grote bezorgdheid gold ook het stemmen met voorlopige stembiljetten, een nieuwigheid bij deze verkiezingen en een potentiële bron voor hertellingen. De mogelijkheid werd na de verkiezingen van 2000 geschapen om ervoor te zorgen dat kiezers die niet op lijsten voorkomen of anderszins niet duidelijk zijn geregistreerd onder voorbehoud kunnen stemmen.

Verkiezingsmedewerkers in Iowa, Michigan en Minnesota dienden namens Republikeinse kiezers klachten in tegen Democratische activisten van MoveOn.org, die te dicht bij stembureaus zouden hebben gestaan. MoveOn.org ontkende dat. In Ohio diende een vrouw een klacht in namens kiezers die niet tijdig hun machtiging hadden ontvangen en vroeg of de betrokkenen niet in aanmerking konden komen voor een voorlopig stembriefje.

In Philadelphia klaagden Republikeinen over fraude, omdat de stemmachines al voor de opening van de stembureaus duizenden stemmen hadden geregistreerd. Verkiezingsmedewerkers wezen er vervolgens op dat de machines nog de stemmen van eerdere verkiezingen bevatten, die voor de verkiezingen van 2004 niet worden meegeteld.

In Milwaukee werden de banden van dertig busjes die door Republikeinen waren gehuurd lek gestoken. Vijf stembureaus in Columbus gingen te laat open omdat de medewerkers niet op tijd arriveerden. In South Dakota stemde een federale rechter in met een verzoek van de Democratische senator Tom Daschle om de activiteiten van Republikeinse waarnemers te beperken. Daschle had geklaagd dat de waarnemers Amerikaans-Indiaanse kiezers intimideerden.