Bashir werd in 2011 door een rechtbank in zijn land veroordeeld tot 15 jaar cel. Hij werd schuldig bevonden aan het financieren van een trainingskamp voor terroristen, die zich de al-Qaeda van Atjeh noemden. De nu 82-jarige prediker wilde graag de sharia (de islamitische wet) invoeren in Indonesië, het grootste moslimland ter wereld.

Hij stond bekend als de jihadleider van Zuidoost-Azië en is de geestelijk leider van de verboden Jemaah Islamiyah, die volgens de politie in 2002 een aanslag pleegde op Bali. Daarbij kwamen 202 mensen om, vooral westerse toeristen. Bashir wordt ook genoemd in verband met aanslagen op kerken in 2000 en het Marriott hotel in Jakarta in 2003.

De Australische premier Scott Morrison reageerde ontzet op de vrijlating van Bashir. Hij sprak van „hartverscheurend” nieuws. Op Bali verloren ook 88 Australiërs het leven. „Ik kan me die dag nog goed herinneren”, zei Morrison, die voorspelde dat nabestaanden het als een klap zullen ervaren dat Bashir de gevangenis heeft verlaten.

Slachtoffer Phil Britten, die op Bali ernstige brandwonden opliep en vrienden verloor, sprak in de krant Sydney Morning Herald de vrees uit dat Bashir weer mensen gaat radicaliseren. „In de loop der jaren moet je leren om het los te laten”, zei hij. Britten zei zijn tijd verder niet te willen verspillen „door boos en emotioneel te worden over dingen waar ik niks aan kan veranderen”.