Circa tweehonderd eikenhouten planken van het tongewelf zijn losgehaald, schoongemaakt, gerepareerd en teruggeplaatst. De restauratoren constateerden daarbij dat de kapconstructie en de schilderingen nog vrijwel origineel zijn.

De consistoriekamer werd in de zestiende eeuw gebouwd als sacristie. Hier kleedden de priesters zich om en bereidden zij zich voor op de eucharistieviering. Voor elke gelegenheid was er een bijpassende kazuifel (opperkleed). Daarvoor was veel kastruimte nodig. Ook het kostbare liturgisch vaatwerk werd in de sacristie bewaard.

Bij de overgang naar de Reformatie kreeg de sacristie een nieuwe functie als consistoriekamer. De kerkenraad kwam er samen, het avondmaalszilver werd er bewaard en het archief werd er ondergebracht.

In het tongewelf zijn het familiewapen van Filips van Bourgondië, het wapen van Holland en het wapenschild van Karel V met de tweekoppige adelaar geschilderd, evenals de stadswapens van Alkmaar en de bevriende steden Delft en Oudewater.

Sinds 1989 is de Grote Kerk eigendom van Stichting tot Behoud van Monumentale Kerken in Alkmaar. In het gebouw worden concerten, tentoonstellingen, beurzen, lezingen, recepties en feesten gehouden. De consistoriekamer wordt verhuurd voor vergaderingen, presentaties en borrels.