Gibson vertelde maandagavond voor de Israëlische radio dat hij een onderzoek uitvoerde naar oude landbouwmethoden in het gebied. Leden van de kibboets brachten hem in 1999 naar de grot. Met een toorts verlichtte hij de wanden ervan om te zien wat hierop afgebeeld zou zijn.

Volgens Gibson beelden de tekeningen scènes af uit het leven van Johannes de Doper. Er is een afbeelding te zien van Johannes die een staf en dierenhuid draagt en een afbeelding van zijn hoofd. Op een andere muur wordt een arm van Johannes afgebeeld als relikwie. Gibson trof geen inscripties aan. De gravures dateren uit de Byzantijnse tijd (324-640).

Volgens de archeoloog bestaat er geen twijfel over dat monniken uit het 4 kilometer verderop gelegen Ein Kerem de herinnering aan Johannes op deze plaats levend hielden. Het is niet duidelijk of ze daar zijn onthoofding of geboorte of iets anders herdachten.

Na de ontdekking van de afbeeldingen besloot Gibson, die leidinggeeft aan de particuliere Jeruzalem Archeologische Veld Eenheid, verder onderzoek uit te voeren. Toen de vloer werd afgegraven, kwamen er potscherven aan het licht uit de Romeinse tijd. Verder trof hij een installatie aan die gebruikt werd voor waterreinigingsrituelen. Deze verschilde van andere installaties in en rond Jeruzalem. Gibson begreep toen dat de installatie uit de tijd van Johannes kon dateren en „past bij alle soorten rituelen die hij uitgevoerd zou hebben.” Andere archeologen zeiden echter dat er geen bewijs bestaat dat Johannes ooit zelf in de grot is geweest.

Bezoekers moesten 28 traptreden afdalen naar een grote waterput. Volgens Gibson werd de grot in de IJzertijd -ergens tussen 800 en 500 voor Christus- uitgehouwen door de Israëlieten, die deze blijkbaar gebruikten voor onderdompelingen. Johannes heeft deze grot later mogelijk overgenomen. De dopelingen konden hun kleding laten liggen in een uitholling in de wand van de grot. Als ze van de trappen afdaalden, zouden ze hun voet hebben geplaatst in een vorm van een voet die was uitgehouwen in een rots. Daar zou een zalving met olie hebben plaatsgehad.

Als in de komende tijd wordt bevestigd dat deze grot door Johannes is gebruikt, dan zou dit een zeer belangrijke ontdekking zijn voor de bijbelse archeologie.

De onderzoekswerkzaamheden in de grot werden gesponsord door de universiteit van Noord-Carolina. Een traditie uit de zesde eeuw identificeert Ein Kerem, een dorpje dat naast Jeruzalem ligt, met de plaats waar Zacharias en Elisabeth gewoond zouden hebben en met de geboorteplaats van Johannes de Doper. De woonplaats van Johannes wordt in de Bijbel niet genoemd.