Het Slotervaartziekenhuis is in 1975 gebouwd. Het verving het Weesperplein Ziekenhuis en het Binnengasthuis. Al vanaf het begin had het gemeentelijke ziekenhuis te kampen met hoge kosten en financiële tekorten. Dat had mede te maken met specialisaties als geriatrie en reumatologie die veel patiënten trokken en dure behandelingen vergden. In 1997 werd het Slotervaart geprivatiseerd en werd het een stichting. Sindsdien kampte het ziekenhuis met financiële problemen en conflicten binnen de medische staf.

In 2005 zou het ziekenhuis een mogelijke alliantie aangaan met het VUmc maar de gesprekken liepen spaak toen duidelijk werd dat door die samenwerking het Slotervaart zou ophouden te bestaan als ziekenhuisinstelling. De Amsterdamse woningcorporaties De Key en Het Oosten en zorginstelling Cordaan wilden het ziekenhuis overnemen, maar dat plan ketste ook af.

Faillissement dreigde voor de zorginstelling. De redding kwam in 2006 van de Meromi Holding uit Zaandam die de nieuwe geldschieter werd van het hospitaal. Het werd daarmee het eerste ziekenhuis dat is gekocht door een commerciële partij. Aan het hoofd daarvan stond Aysel Erbudak, een Nederlandse zakenvrouw van Turkse afkomst.

Erbudak werd bestuursvoorzitter en een bekend gezicht in talkshows. In 2013 schorste de raad van commissarissen haar vanwege solistisch optreden. Het jaar daarop maakte het Openbaar Ministerie bekend onderzoek te doen naar Erbudak. De rechtbank in Amsterdam veroordeelde haar tot terugbetaling van 1,7 miljoen euro aan het Slotervaart, geld dat zij tijdens haar bestuursvoorzitterschap onrechtmatig aan het ziekenhuis heeft onttrokken.

Nadat Erbudak op een zijspoor was gezet, kwam het ziekenhuis in 2013 in handen van Loek Winter.

In 2015 kwam Slotervaart weer negatief in het nieuws. Het ziekenhuis maakte grote winsten op het produceren van heroïne in opdracht van het ministerie van Volksgezondheid. De drugs waren bestemd voor drugsverslaafden die het onder begeleiding van hulpverleners kregen toegediend. De inkomsten werden stilgehouden.

Anno 2018 kampt het ziekenhuis nog steeds met financiële en bestuurlijke problemen. Bestuurslid Willem de Boer, die eerder vertrok als bestuursvoorzitter, stapte in september op. De Boer is mede-eigenaar van het overkoepelende MC Groep, de eigenaar van verschillende ziekenhuizen, zoals de IJsselmeerziekenhuizen.