De „neogotische droom”, zoals liefhebbers het gebouw wel noemen, werd ontworpen door Alfred Tepe en ingewijd in 1883. Twee jaar eerder was de bouw gestart. De architect had de opdracht een kerk tussen de bestaande grachtenpanden in te bouwen. Naar achteren toe wordt de kerk steeds breder. Het geeft een ruimtelijk effect, ondanks dat het gebouw een beperkt grondoppervlak heeft.

Al sinds 1654 wordt er aan het Singel in Amsterdam door rooms-katholieken gebeden en gepreekt, in eerste instantie in een huis met de naam Crijtberg. Vandaar dat dit jaar het 350-jarig bestaan van de kerk wordt gevierd, hoewel de huidige kerk nog niet zo oud is. Ter gelegenheid van het jubileum heeft het Bijbels Museum een speciale expositie over de kerk samengesteld met de titel ”Van schuilkerk tot neogotische droom”. Vanuit de expositiezaal in het Bijbels Museum is de kerk zelf te zien.

Overigens was de eerste Crijtberg in 1654 een schuilkerk, omdat rooms-katholieke kerken niet als zodanig van buitenaf zichtbaar mochten zijn. In 1834 werd er een pastorie gebouwd met daarachter, nog steeds niet zichtbaar vanaf de straat, een nieuwe kerk. In 1883 werd deze kerk vervangen door de huidige kerk die, met haar twee torenspitsen, zeer prominent in het Amsterdamse straatbeeld aanwezig is.

Tussen 1979 en 2001 zijn de kerk en de pastorie volledig gerestaureerd, Allereerst werden in de kerk de fundering, het dak en de glas-in-loodramen hersteld. Vervolgens kwamen de altaren en de rijkversierde preekstoel aan de beurt. Aan het eind van de vorige eeuw werd begonnen met de restauratie van de schilderingen, het stucwerk en de beelden. In 2001 werd de pastorie verbouwd en in 2003 kwamen er nieuwe leien op het dak.

De kerk wordt sinds 1654 bediend door de jezuïeten. Een van de prominentste priesters die in de Krijtberg gewerkt hebben, is de publicist Antoine Bodar. Hij zou echter te behoudend en te succesvol zijn geweest voor de jezuïeten. Op 14 januari 1996 moest hij afscheid nemen van de kerkgemeenschap. In de Krijtberg wordt iedere zondag een mis in het Latijn opgedragen.