Peper gaf colleges ’public management’ aan ambtenaren van Rijk, provincies en semi-overheidsinstellingen, in het kader van een mba-opleiding. Hij stapte op, omdat de programmadirectie van Nyenrode een driedaagse studiereis naar de EU in Brussel onnodig vond. De directie wilde Pepers onkosten niet vergoeden.

„De studiereis was bedoeld om meer diepgang in de opleiding te brengen, want dat ontbrak er nogal aan. De reis is op verzoek van de studenten gemaakt”, aldus Peper. De oud-bestuurder ligt naar eigen zeggen niet wakker van zijn vertrek na twee jaar Nyenrode. „Ik gaf maar enkele dagdelen les. De titel hoogleraar is voor mij ook niet zo belangrijk, want ik ben het al eerder geweest.”

Peper trad in 2000 af als minister van Binnenlandse Zaken. Hij deed dat om zich te verweren tegen beschuldigingen over onjuist en slordig declaratiegedrag in de periode dat hij burgemeester van Rotterdam was. Peper voerde daarna procedures tegen justitie en accountantskantoor KPMG, en overweegt ook een claim tegen de gemeente Rotterdam in te brengen.

Peper is nog verbonden aan de Nederlandse Politie Academie, is commissaris van een Rotterdams familiebedrijf, doet advieswerk en geeft lezingen. Hij heeft ook plannen om terug te keren als (de eerste gekozen) burgemeester van Rotterdam. „Ik heb het dus druk genoeg”.