De RMS zet zich al sinds 1950 in voor een onafhankelijke Molukse republiek. Die werd op Ambon officieus opgericht toen president Soekarno van Indonesië aan de macht kwam. Dat land was toen net onafhankelijk geworden van Nederland.

De Rotterdamse arts Tutuhatunewa volgde in 1993 Joop Manusama op. Manusama was president toen radicale Molukse jongeren treinen kaapten bij Wijster en De Punt en op een basisschool in Bovensmilde scholieren gijzelden. Ze deden dat uit onvrede met de rol van Nederland in de Molukse kwestie.

„Gedurende zijn presidentschap heeft Tutuhatunewa zich als een belangrijk bewaker en hoeder getoond van de RMS. Daarvoor is het Zuid-Molukse volk hem zeer erkentelijk”, aldus de regering in ballingschap in een verklaring.

De huidige regering in ballingschap van de Republiek der Zuid-Molukken wordt vanuit Nederland geleid door John Wattilete.