De ex-generaal kreeg in 2002 de leiding over de Mossad, toen een Palestijnse opstand gaande was, islamistisch extremisme internationaal in opkomst was en wereldmogendheden lucht kregen van de geheime uraniumverrijkingsplannen van Iran.

Onder zijn leiding voerde de dienst diverse agressieve acties uit, waaronder een luchtaanval op een Syrische atoomreactor in aanbouw, moorden op Iraanse atoomgeleerden en cyberaanvallen op de computers van het Iraanse atoomprogramma. Maar luttele weken voor hij aftrad, viel hij openlijk premier Netanyahu af, die de Iraanse dreiging volgens hem overdreef.

„Israël moet Iran niet overhaast aanvallen. Het moet dit alleen doen als het zwaard op zijn keel staat”, zei Dagan tegen journalisten. Ehud Barak, de toenmalige minister van Defensie onder Netanyahu, zei dat Dagan met zijn uitspraken „heel goed” een aanval kon hebben voorkomen.

Dagan, zoon van Poolse Joden die de Holocaust overleefden, zei de publiciteit te hebben gezocht omdat hij vreesde dat Netanyahu Israël nodeloos in gevaar bracht.

Netanyahu repte in een eerbetoon aan Dagan met geen woord over hun geschillen. „Meir was een moedige strijder en bevelhebber die vastbesloten was te verzekeren dat het Israëlische volk nooit meer machteloos of weerloos zal zijn.”