Volgens HRW zijn sinds eind 2001 duizenden Afghanen en buitenlanders opgepakt die ervan werden verdacht aanhangers te zijn van het voormalige Taliban–bewind of van het terreurnetwerk al–Qaeda. Een deel van hen zou tijdens verhoren zijn gefolterd, in sommige gevallen met de dood tot gevolg.

Bij operaties om deze verdachten op te sporen zouden ook veel burgerslachtoffers zijn gevallen. In totaal zou het gaan om circa driehonderd doden.

Terwijl de meeste opgepakte mensen inmiddels weer op vrij voeten zijn, zitten op verschillende locaties in Afghanistan en op de Amerikaanse militaire basis Guantanamo Bay op Cuba nog honderden verdachten vast. Ze hebben hebben geen toegang tot een advocaat en hun familie mogen ze niet ontvangen aldus HRW.

Een woorvoerder van het Amerikaanse leger in Afghanistan heeft de beschuldigingen tegengesproken. Volgens hem gaat HRW ook aan het het feit voorbij dat Afghanistan nog geen stabiel land is. In Afhanistan zijn duizenden Amerikaanse militairen samen met Afghaanse stijders op zoek naar restanten van de Taliban en al–Qaeda.