De kerk mag wel gebruikt blijven worden voor diensten. Over het eigendomsrecht van de kathedraal was jarenlang ruzie, zo meldde de Belgische nieuwsdienst KerkNet. In 2010 deed de aartbisschop van Praag afstand van het eigendomsrecht. Hij kreeg er een vergoeding voor terug die een compensatie was voor het verlies van kerkgebouwen tijdens de communistische overheersing tot 1989.

Na nieuwe onderhandelingen ondertekenden de Tsjechische president en de aartsbisschop van Praag een eindakkoord. De kerk ziet het akkoord als een verlies.