Brüggen was in 1981 de oprichter van het Orkest van de Achttiende Eeuw, dat bestaat uit 55 leden uit meer dan 20 verschillende landen. De muzikanten zijn gespecialiseerd in muziek uit de 18e en vroege 19e eeuw en spelen veelal op authentieke instrumenten of kopieën daarvan. Met het orkest speelde Brüggen werken van onder anderen Mozart, Beethoven, Schubert, Mendelssohn en Chopin. Brüggen heeft ook als gastdirigent opgetreden bij diverse andere orkesten, waaronder het Koninklijk Concertgebouworkest en het Radio Kamer Orkest.

Hij was ook fluitist, blokfluitist en musicus. In die hoedanigheid hield hij zich vooral bezig met barokmuziek. In de jaren 60 en 70 groeide hij uit tot een van de belangrijkste blokfluitisten ter wereld. Hij speelde een grote rol bij de ontwikkeling van blokfluitmuziek door componisten hedendaagse muziek te laten schrijven voor het instrument. Hij probeerde de blokfluit te ontdoen van het imago van ‘kinderinstrument’. Als docent heeft hij veel toonaangevende blokfluitisten uit binnen- en buitenland opgeleid en hij verzamelde ook oude blokfluiten.

Brüggen, geboren op 30 oktober 1934 in Amsterdam, studeerde dwarsfluit en blokfluit aan het hoofdstedelijke conservatorium en muziekwetenschappen aan de Universiteit van Amsterdam. Op 21-jarige leeftijd werd hij al aangesteld als docent aan het Koninklijk Conservatorium van Den Haag. Later gaf hij ook les aan de Harvard University en de University of Berkeley in de Verenigde Staten.

In 1967 richtte hij het Brüggen-consort op, dat zich toelegde op het spelen van oude muziek. Begin jaren 70 vormde hij met twee andere muzikanten het blokfluitensemble Sour Cream. De dirigent is enkele malen onderscheiden, onder meer met een muziekprijs van Unesco in 1997 en de Edison Klassiek Oeuvreprijs in 2012, voor zijn buitengewone verdiensten voor de Nederlandse muziek.

Radio 4 heeft zijn programmering woensdag aangepast in verband met het overlijden van de dirigent. Op de radiozender voor klassieke muziek is de hele avond door hem gespeelde en gedirigeerde muziek te horen. De NTR herhaalt zondagmiddag op Nederland 2 een documentaire over het Orkest van de Achttiende Eeuw.