In november hebben de staatssecretarissen Van der Knaap van Defensie en Schultz van Haegen van Verkeer en Waterstaat toestemming gegeven het aantal vliegbewegingen op het militaire vliegveld van 16.000 tot 20.000 per jaar te verhogen. De Waddenvereniging, Vogelbescherming Nederland, Milieufederatie Noord–Holland en Landschap Noord–Holland vinden echter dat een staatssecretaris zo’n beslissing niet mag nemen. Die beslissingsbevoegdheid ligt volgens de natuurorganisaties alleen bij de ministers.

Ook zou door de luchthaven onvoldoende onderzoek zijn gedaan naar de effecten op het milieu. Wadvogels zien de helikopters en vliegtuigjes die vanaf Den Helder Airport vertrekken voor roofvogels aan, stellen de natuurorganisaties. Volgens directeur R. Hijmans van de luchthaven is dat onzin. „We vliegen hooguit twee minuten boven een zandplaat waar de vogels zitten. Volgens onderzoek blijken de vogels daar geen last van te hebben, maar juist als er een echte roofvogel aankomt raken de wadvogels in paniek."

De natuurorganisaties hebben ook al een bezwaarschrift bij de ministeries ingediend. Zolang daar geen beslissing over is genomen, mag er extra worden gevlogen. De natuurorganisaties willen dat de rechter de extra vluchten verbiedt tot hun bezwaarschrift is behandeld.

Vanaf Den Helder Airport vinden voornamelijk helikoptervluchten plaats naar de 110 productieplatforms in de Nederlandse Noordzee. Jaarlijks worden 60.000 mensen van en naar de platforms vervoerd. Door uitbreiding van de activiteiten op de Noordzee zijn de extra vluchten nodig, zo stelt de luchthaven.