Chodorkovski was op jonge leeftijd al politiek actief. Hij behoorde tot de jonge intelligentsia en was leider van Komsomol, de jongerenbeweging van de Communistische Partij, op zijn universiteit. In de laatste jaren van de haperende Sovjet-Unie keerde hij zich af van het communisme.

Chodorkovski richtte in 1990 de bank Menatep op en kon in de jaren van Gorbatsjov en Jeltsin profiteren van de economische wanorde in Rusland. Chodorkovski kocht de oliemaatschappij Yukos voor een habbekrats en zag zijn bankrekening als kool groeien toen het bedrijf de markt opging. Chodorkovski bleek prima overweg te kunnen met het cowboykapitalisme van de jaren 90 en werd de rijkste man van het land. Met een geschat vermogen van 7,8 miljard dollar was hij zelfs een van de rijksten ter wereld.

Zijn oliemaatschappij ging vervolgens een fusie aan met Sibneft van Roman Abramovitsj. Yukos Sibneft zou tot de grootste oliemaatschappijen ter wereld gaan behoren. Maar zover is het niet gekomen. Toen Vladimir Poetin in 2000 in Rusland aan de macht kwam, was het afgelopen met de graai- en chaoseconomie. Poetin liet echter de oligarchen, die vaak op duistere wijze miljarden bij elkaar sprokkelden, met rust, zolang zij zich niet met de politiek bemoeiden.

Maar Chodorkovski deed dat juist wel. Hij wilde zich inzetten voor een meer open samenleving en democratie en liet zich niet afschrikken door Poetin. Dat werd hem fataal. Op 25 oktober 2003 werd hij gearresteerd op verdenking van belastingfraude en -ontduiking, verduistering en valsheid in geschrifte. Zijn oliemaatschappij kreeg de ene achterstallige belastingaanslag na de andere in de brievenbus. Yukos werd na een mistige veiling overgeheveld naar Rosneft, een staatsoliemaatschappij.

Veel wijst in de richting van Poetin, maar er is nooit aangetoond dat die zelf achter de aanklachten zat. Chodorkovski werd na een controversiële rechtszitting veroordeeld tot 9 jaar cel en zou pas in 2014 vrijkomen. Chodorkovski werd als gevangene een symbool voor de strijd tegen de in nevelen gehulde oligarchie die Rusland in zijn macht heeft. Poetin heeft hem nu via een amnestiewet wat eerder vrijgelaten, ondanks berichten dat er weer een nieuwe strafzaak tegen hem op stapel stond.