De kosten van het ICT-project kwamen vorig jaar uit op ruim 95 miljoen euro, 59 procent hoger dan verwacht. Volgens de Rekenkamer liggen de werkelijke kosten nog een stuk hoger, omdat het ministerie van Veiligheid en Justitie de personeelskosten van IND’ers die aan het systeem werkten en de onderhoudskosten niet heeft meegerekend.

Ook de invoering van INDiGO verliep trager dan bedoeld. „De IND heeft de voortgang van de invoering consequent te rooskleuring ingeschat: in 2010 verwachtte de IND nog dat INDiGO in de tweede helft van 2010 volledig operationeel zou zijn.”

De Rekenkamer constateert ook dat de aanvragen van verblijfsvergunningen voor mensen die naar Nederland komen om te wonen, werken of te studeren gemiddeld in 2012 niet binnen de wettelijke termijn zijn afgehandeld. Het aantal bezwaarschriften dat de IND ontving, steeg sinds 2009 weer. De tragere afhandeling kwam mede doordat INDiGO nog niet volledig actief was.

Staatssecretaris Fred Teeven (Asiel) stelt in reactie op het Rekenkamerrapport dat invoering van het systeem in de loop van dit jaar is afgerond en dat de behandelduur van verblijfsvergunningen sinds begin 2013 weer afneemt.

Het niet goed functioneren van INDiGO speelde ook een rol in het debat over de Russische asielzoeker Aleksandr Dolmatov, die begin dit jaar zelfmoord pleegde in Nederlandse vreemdelingendetentie. Teeven stelde in het Kamerdebat in april dat er na de dood van Dolmatov verbeteringen waren uitgevoerd, met dubbele waarborgen zodat een besluit van een medewerker altijd gecontroleerd wordt door een leidinggevende.