Comey heeft meerdere posities bekleed binnen justitie. Zo trad hij op als assistent-aanklager in Virginia in de zaak rond een terroristische aanslag in 1996 op een appartementencomplex in Saudi-Arabië, waar buitenlands militair personeel verbleef. Daarbij kwamen 17 Amerikaanse medewerkers van het leger om. Later was hij onder meer werkzaam als openbaar aanklager in New York.

In 2004 raakte hij bekend doordat hij als plaatsvervangend procureur-generaal onder George W. Bush een omstreden afluisterprogramma tegenhield, waarbij agenten zonder toestemming van een rechter telefoongesprekken zouden mogen afluisteren. De procureur-generaal zelf lag toen in het ziekenhuis.

In 2005 verliet Comey de Bush-regering en stapte hij over naar het bedrijfsleven. Daar was hij eerst actief als hoofd van de juridische afdeling bij vliegtuigfabrikant Lockheed Martin, en vervolgens bij hedgefonds Bridgewater Associates. Sinds kort geeft hij lezingen op de rechtenfaculteit van Columbia University in New York. Ook trad hij recentelijk toe tot de raad van bestuur van de Britse bank HSBC.

De Senaat moet de voordracht van Obama goedkeuren. Sommige leden zijn bezorgd over Comey’s nauwe banden met de financiële sector. „Zijn onderzoeksbureau moet helpen om een zaak op te bouwen tegen enkele ex-collega’s van hem”, zei de Republikeinse senator Chuck Grassley over de inspanningen van de regering om Wall Street te vervolgen voor zijn aandeel in de economische crisis.

De FBI en het ministerie van Justitie zijn recentelijk onder vuur komen liggen. Na de aanslag bij de marathon van Boston vroeg het parlement zich af of de FBI aanwijzingen van de Russische autoriteiten had gemist over een van de verdachten, waardoor de aanslag mogelijk had kunnen worden voorkomen. Het ministerie van Justitie kreeg kritiek te verduren voor het in beslag nemen van telefoongegevens en e-mails van journalisten bij Associated Press en Fox News.