Het Rijksmuseum, dat zegt eigenaar van de historische orgelkas te zijn, wil de kas met het nog bestaande binnenwerk herenigen in de Nicolaïkerk te Utrecht, de plek waar het oorspronkelijk heeft gestaan. Om de kas uit de Koorkerk weg te halen heeft het Rijksmuseum een wettelijk verplichte monumentenvergunning gevraagd aan de gemeente Middelburg.

De gemeente heeft in 2009 de vereiste vergunning afgegeven. Daartegen hebben de Vereniging van Vrijzinnig Hervormden Middelburg (VVHM), die de Koorkerk gebruikt voor haar erediensten, en de Stichting tot Bescherming van het Peter Gerritzsorgel (SBPGO), beroep aangetekend bij de rechtbank Middelburg. De rechtbank oordeelde dat die sloopvergunning onzorgvuldig tot stand was gekomen en dat de gemeente een nieuw besluit diende te nemen. Daarop gaf de gemeente in 2011 een nieuwe monumentenvergunning af. Over het inmiddels bij de Raad van State ingediende beroep door bezwaarmakers, waarbij ook de Protestantse Gemeente Middelburg (PGM) als eigenaar van de Koorkerk heeft aangehaakt, heeft de Raad van State nu uitspraak gedaan.

De raad acht de Stichting tot Bescherming van het Peter Gerritszorgel (SBPGO) in haar uitspraak niet als belanghebbende in de kwestie. De stichting heeft zich beperkt tot het inbrengen van zienswijzen tegen de twee door de gemeente Middelburg verstrekte monumentenvergunningen en het instellen van beroep daartegen. Volgens de Raad van State heeft de stichting geen feitelijke werkzaamheden verricht ter behartiging van haar belangen.

De later in de procedure aangehaakte Protestantse Gemeente Middelburg (PGM) wordt door de Raad van State niet ontvankelijk verklaard.

Het beroep dat de Vereniging van Vrijzinnig Hervormden Middelburg bij de Raad van State had ingesteld acht de raad wel gegrond, maar komt tot een andere conclusie dan de rechtbank Middelburg. Volgens de raad wordt de kerkgemeenschap niet belemmerd in het belijden van haar godsdienst, wanneer de historische orgelkas uit de Koorkerk zou verdwijnen. Ook al wordt het balkon van de kas incidenteel gebruikt als plek vanwaar de dirigent de cantorij leidt. De Koorkerk blijft als plaats waar het geloof wordt beleden op dezelfde wijze in gebruik, ook als de historische orgelkas zou worden vervangen door een andere orgelkas zoals het Rijksmuseum heeft voorgesteld, zegt de raad.

Omdat geen van de bezwaarmakers door de Raad van State worden aangemerkt als belanghebbende in de kwestie, blijven de door de gemeente Middelburg verleende monumentenvergunningen overeind. Het Rijksmuseum heeft daarmee het instrument in handen om de historische orgelkas van het Peter Gerritszorgel uit de Koorkerk te halen.

Een woordvoerder van de Vereniging van Vrijzinnig Hervormden Middelburg laat weten dat niemand in de kerk wordt toegelaten die de historische orgelkas wil verwijderen. Het Rijksmuseum, dat zegt eigenaar te zijn van de orgelkas, heeft nooit met zowel de Protestantse Gemeente Middelburg, de eigenaar van de kerk, als de Vereniging van Vrijzinnig Hervormden Middelburg als gebruiker van de Koorkerk, over dit voornemen gesproken.

Wat moet het Rijksmuseum met een dergelijke vergunning als de toegang tot de kerk geweigerd wordt? Bovendien zijn er ook privaatrechtelijke kwesties in het geding. Het Rijksmuseum zegt wel eigenaar van de historische orgelkas te zijn, maar het Rijk heeft in 1952 die kas voor honderd jaar in bruikleen gegeven aan de Koorkerk. Daar komt bij dat de PGM de Koorkerk, met de orgelkas, ook weer voor honderd jaar in bruikleen heeft gegeven aan de VVHM. Het eenzijdig opzeggen van die overeenkomst door het Rijksmuseum doet daar volgens beide niets aan af. Daarnaast speelt de kwestie wie nu het eigendomsrecht heeft van historische orgelkas.

Kortom, het pleit is nog niet beslecht.