Het stadsparlement koos de SPD’er Klaus Wowereit met 74 tegen 66 stemmen tot burgemeester. De nieuwe stadsregering had een onverwacht trage start, want de verkiezing van de burgemeester en de acht regeringsleden duurde tot laat in de avond.

Doorgaans is de verkiezing slechts een formaliteit. De sociaal-democraat Peter Strieder, die de coalitiebesprekingen voor zijn partij had geleid, werd in eerste instantie niet in de regering gekozen omdat hij niet voor meer vrouwen en Oost-Duitsers in de regering had gezorgd. In een latere verkiezingsronde werd Strieder echter wel gekozen.

Het is voor het eerst sinds de Duitse hereniging in 1990 dat de ex-communistische PDS deelneemt aan de stadsregering van Berlijn.