Glemp moest een bezoek aan de Verenigde Staten afzeggen, nadat Joodse organisaties demonstraties tegen hem hadden aangekondigd. De Katholieke Universiteit van Nijmegen trok een uitnodiging aan hem in.

De benoeming van Glemp tot aartsbisschop van Gniezno-Warschau en daarmee tot primaat van de Poolse Rooms-Katholieke Kerk kwam in juli 1981 niet onverwacht. De zoon van een mijnwerker in de zoutmijnen en kerkjurist was 10 jaar secretaris geweest van zijn voorganger, kardinaal Stefan Wyszynski, die in hem de geschiktste opvolger zag. In 1983 werd Glemp kardinaal.

In december 1981 kondigde generaal Jaruzelski de staat van beleg af en verbood hij de vakbond Solidariteit, die steun van de kerk had gekregen. Glemp pleitte herhaaldelijk voor vrijlating van de gedetineerden, herstel van de burgerrechten en erkenning van Solidariteit, maar werd door radicale priesters en gelovigen bekritiseerd, omdat hij te gemakkelijk geneigd zou zijn tot het sluiten van compromissen met de communistische regering.

Glemp was het zoals veel Polen niet eens met de volgens hem onrechtvaardige overeenkomst tussen het Joods Wereldcongres en vier kardinalen om het karmelietessenklooster in Auschwitz te verplaatsen en gaf daar uiting aan tijdens een mis in Czestochowa. Amerikaanse Joden hadden kort ervoor bij het klooster actie gevoerd en waren door Poolse arbeiders verdreven. Glemp riep de Joden op „niet te spreken vanuit de positie van een natie die boven alle naties is verheven”. Ook klaagde hij over de machtige positie van de Joden in de massamedia. Glemp zei dat hij duidelijk had willen maken dat de Joodse protesten tegen het klooster de waardigheid van de karmelietessen en van de RK Kerk aantastten.