Tolimir stuurde de militaire inlichtingendiensten van het Bosnisch-Servische leger aan. Hij wordt medeverantwoordelijk gehouden voor de organisatie van de genocide op duizenden moslimmannen en -jongens na de val van Srebrenica in 1995. Tolimir rapporteerde toen rechtstreeks aan Mladic.

In de Oost-Bosnische enclave Srebrenica waren in 1995 tienduizenden moslims samengestroomd. Zij werden er belegerd door het Bosnisch-Servische leger. Het lichtbewapende Nederlandse VN-bataljon Dutchbat onder leiding van overste Thom Karremans had tot taak de moslims te beschermen. De Nederlanders waren echter niet opgewassen tegen de Bosnisch-Servische overmacht, die Srebrenica op 11 juli 1995 veroverde.

De VN-aanklagers hadden in augustus levenslang geëist voor Tolimir wegens onder meer genocide en etnische vervolging. Tolimir betoogde op de laatste dag van zijn proces nog eens onschuldig te zijn.

Tolimir werd in 2007 in Bosnië gearresteerd. Hij ging het gevecht met het tribunaal aan op tal van terreinen. Zo eiste hij dat hij alle processtukken in het cyrillische alfabet zou krijgen omdat hij het gangbare Latijnse alfabet niet zou kunnen lezen. In zijn verzoekschriften roept hij regelmatig God aan. Het proces van de religieuze oud-militair, die zich zelf verdedigt, begon op 26 februari 2010.