Ds. J. D. van Hof, C. van Baren en drs. S. J. Popma, destijds vooraanstaande personen in de Nederlandse Hervormde Kerk en de Gereformeerde Kerken, riepen in 1939 de Willem de Zwijgerstichting in het leven. Voornaamste doel was de belangstelling voor de reformatorische beginselen levend te houden.

De eerste publicaties van de nieuwe stichting waren vooral van historische aard. De schrijvers streefden ernaar de actuele betekenis van het reformatorisch erfgoed te laten zien. In de eerste decennia werd er veel aandacht geschonken aan de verhouding tot de Rooms-Katholieke Kerk. Geleidelijk werd het spectrum verbreed.

Behalve brochures over onderwerpen uit de algemene en de vaderlandse kerkgeschiedenis verschenen er publicaties over dogmatische en ethische thema’s, zoals de Bergrede, het Schriftgezag, euthanasie, geloofszekerheid, de prediking, het huwelijk, de pastorale gemeente, Israël en de kerk, zending en Bijbelvertaalwerk en religieus besef in een postmoderne tijd.

De stichting geeft sinds 1941 tweemaal per jaar een brochure uit.