Het voornemen de historische orgelkas van het Peter Gerritszorgel uit 1479 uit de Koorkerk te verwijderen speelt al sinds 2007. Het Rijksmuseum, dat eigenaar is van de orgelkas en dat deze in 1956 voor honderd jaar in bruikleen heeft afgestaan aan de Koorkerk, heeft destijds samen met de Stichting Peter Gerritszorgel het plan opgevat de historische orgelkas met het nog bestaande binnenwerk van het orgel te herenigen in de Nicolaïkerk te Utrecht, de plek waar het orgel oorspronkelijk heeft gestaan.

De toenmalige Rijksdienst voor Archeologie, Cultuurlandschap en Monumenten, thans de Rijksdienst voor Cultureel Erfgoed, heeft daarvoor positief geadviseerd, waarop de gemeente in juli 2009 de gevraagde monumentenvergunning heeft verleend.

Tegen deze vergunning zijn door tientallen binnen- en buitenlandse orgeldeskundigen bezwaren ingediend. Stuk voor stuk werden deze door de gemeente ongegrond verklaard, waarop de Stichting tot Bescherming van het Peter Gerritszorgel en de Vereniging van Vrijzinnig Hervormden Middelburg, die kerkt in de Koorkerk, beroep instelden bij de rechtbank te Middelburg.

Die vernietigde op 19 mei 2011 de door de gemeente verleende monumentenvergunning omdat deze niet op een zorgvuldige manier tot stand was gekomen. De gemeente moest de procedure overdoen. In juni 2011 hebben de Stichting tot Bescherming van het Peter Gerritszorgel en de Vereniging van Vrijzinnig Hervormden tegen de uitspraak van de rechtbank beroep ingesteld bij de Raad van State.

Begin dit jaar heeft de gemeente een nieuw ontwerpbesluit ter inzage gelegd. Opnieuw zijn hiertegen uitgebreide bezwaren ingediend. Ook deze werden weer ongegrond verklaard, waarna op 31 juli de monumentenvergunning definitief werd verleend. Op 16 augustus heeft het college dit per brief aan de gemeenteraad meegedeeld.

De raadsvrouw van de Stichting tot Bescherming van het Peter Gerritszorgel moest hiervan via de website van de gemeente Middelburg kennis nemen. Zij geeft te kennen dat de lopende procedure bij de Raad van State geacht moet worden ook te zijn gericht tegen het nu door de gemeente Middelburg genomen besluit. Als het goed is zal volgens haar de gemeente een kopie van het besluit toezenden aan de Raad van State.

Het is niet bekend wanneer de Raad van State het beroep zal behandelen.