De jaarbegroting van de commissie moet in evenwicht zijn. Dat betekent dat er niet mag worden gerekend met tekorten of met overschotten. Geld dat uiteindelijk in een jaar niet is uitgegeven, wordt teruggegeven aan de lidstaten of verrekend met de begroting van het jaar erop. Dreigt er een tekort omdat de commissie meer betalingsverplichtingen heeft uitstaan dan er geld in kas is, dan zullen de lidstaten moeten bijstorten.

Daar komt nog bij dat geld in de begroting geoormerkt is voor bepaalde uitgaven. Het overhevelen van geld van het ene potje naar het andere is moeilijk en ingewikkeld, waardoor het mogelijk is dat betalingen niet kunnen worden gedaan omdat dat ene potje leeg is, terwijl er in een ander potje nog wel geld zit.

De begroting voor dit jaar kwam er na flink protest van de lidstaten. Het bedrag van 129 miljard euro voor 2012 is weliswaar hoger dan in de begroting van 2011, maar fors lager dan waarop de Europese Commissie en het Europees Parlement hadden ingezet.

Tijdens de top van regeringsleiders van de EU in juni moet er een definitief akkoord zijn gesloten over de begroting van 2013.