Veel van zijn collega’s in de moslim-Kroatische federale regering van Bosnië, evenals de internationale bestuurders in Bosnië, willen echter dat hij aftreedt.

De 49-jarige Halilovic was minister van Vluchtelingenzaken toen hij in september vorig jaar werd aangeklaagd. Zodra de aanklacht bekend werd gemaakt, reisde hij naar Den Haag om zich over te geven aan het VN-tribunaal. Nadat de Bosnische regering had gegarandeerd dat Halilovic voor het tribunaal zal verschijnen wanneer zijn proces begint, werd hij voorwaardelijk vrijgelaten.

De partij van Halilovic, de Bosnische Partij van Patriotten, heeft gedreigd de coalitieregering te verlaten als Halilovic zijn baan niet terugkrijgt. Het ziet er echter niet naar uit dat de regering zal vallen over de kwestie. De hoogste internationale bestuurder in Bosnië, Wolfgang Petritsch, heeft Halilovic dringend geadviseerd niet naar zijn ministerie terug te keren voordat zijn rol in de Bosnische oorlog is opgehelderd. Onderminister voor Europese Integratie Rasim Kadic heeft laten weten dat Halilovic zou moeten aftreden als blijk van waardering voor de inspanningen van de regering om hem uit de VN-gevangenis in Scheveningen te houden.

Minister Halilovic is beter bekend als de generaal die het overwegend islamitische Bosnische leger hielp opzetten toen in 1992 de Bosnische oorlog uitbrak. Hij was de eerste bevelhebber van het leger.