Na een korte burgeroorlog verklaarde Amaral Oost-Timor in 1975 onafhankelijk. Hij trad aan als president, maar moest dat ambt al na 9 dagen opgeven omdat Indonesië Oost-Timor bezette. In de jaren daarna maakte hij deel uit van de guerrillabeweging Falantil, die tegen de Indonesiërs vocht.

Bij de eerste presidentsverkiezingen in 2002 in Oost-Timor, dat in dat jaar onafhankelijk werd, verloor Amaral van de voormalige vrijheidsstrijder Xanana Gusmao. Amaral had zich ook kandidaat gesteld voor de presidentsverkiezingen die over anderhalve week worden gehouden.