De voormalige rebellen zouden bijvoorbeeld vermeende huurlingen van kolonel Muammar Gaddafi hebben vermoord . Ook zouden zij gevangen genomen militairen die trouw waren gebleven aan de verdreven leider, hebben gemarteld. Amnesty stelt wel dat het overgrote deel van de in Libië gepleegde misdaden, begaan is door Gaddafi’s manschappen.

De regeringstroepen worden beticht van onder meer doelbewuste aanvallen op burgers, moorden en willekeurige arrestaties en martelingen. Het Internationaal Strafhof in Den Haag doet onderzoek naar mogelijke oorlogsmisdaden in Libië en heeft al arrestatiebevelen uitgevaardigd tegen Gaddafi, zijn zoon Saif al-Islam en oud-inlichtingenchef Abdullah al-Senussi.