In een eerste rapport concludeerde de inspectie dat er tijdens de operatie ernstige fouten zijn gemaakt. Later trok de inspectie dit rapport in en presenteerde een heel andere conclusie. Volgens de ouders heeft de inspecteur die het onderzoek uitvoerde, hen verteld dat er afspraken waren gemaakt tussen het ziekenhuis en de inspectie. Die afspraken zouden hebben ingehouden dat de specialist die betrokken was bij de operatie niet voor de tuchtrechter hoefde te verschijnen. De inspecteur van de IGZ heeft inmiddels zijn werk neergelegd.

De Nationale Ombudsman vindt dat dat de inspectie „heel veel uit te leggen heeft”. Ook kondigde hij onderzoek aan naar de gang van zaken in het ziekenhuis rondom de behandeling van de baby Jelmer.

Een woordvoerder van de inspectie stelt in een reactie op de uitzending dat de inspecteur die het eerste rapport heeft opgesteld zijn werk niet goed heeft gedaan. „Hij heeft stoere dingen geroepen die onvoldoende onderbouwd waren.” Daarom is volgens de woordvoerder het rapport ingetrokken en vlak daarna een tweede gepresenteerd met een heel andere inhoud. De inspectie ontkent dat er afspraken zijn gemaakt tussen de inspectie en het ziekenhuis dat de anesthesioloog niet voor de tuchtrechter zou hoeven te verschijnen. De inspectie betreurt dat het onderzoek naar de zaak zo lang heeft geduurd.