Weliswaar is men blij dat de rechter de door de gemeente afgeven sloopvergunning heeft vernietigd. De gemeente dient als gevolg daarvan een nieuw besluit te nemen. De VVHM en de SbPG zijn daar echter niet gerust op. Het advies van de gemeentelijke monumentencommissie, op grond waarvan de gemeente de sloopvergunning van de orgelkas heeft afgegeven, gaat uit van een onzekere situatie dat de vervangende orgelkas van Harenkaspel daadwerkelijk wordt geplaatst.

De bezwaarmakers hekelen verder het gebrek aan onafhankelijkheid van de gemeentelijke monumentencommissie. De door de gemeente aangestelde conservator van de stedelijke collecties is als deskundige lid van de monumentencommissie en kan daarom als ambtenaar worden aangemerkt. Ook lopen de bezwaarmakers te hoop tegen het informeel gevoerd overleg door het Rijksmuseum en de Rijksdienst Monumentenzorg met de gemeente Middelburg. Kennelijk om de afgifte van vereiste sloopvergunning te bevorderen.

Verder zijn de bezwaarmakers het niet eens met het oordeel van de Middelburgse rechtbank dat het eventueel verwijderen van de historische orgelkas niet raakt aan wezenlijke belangen van godsdienst of levensovertuiging. Vanwege de breedte van de kerk staat de dirigent van de cantorij doorgaans op het orgelbalkon om de cantorij te dirigeren. Daarmee heeft de orgelkas volgens de VVHM een wezenlijk belang voor het belijden van de godsdienst. Het oordeel van de rechtbank acht de VVHM dan ook in strijd met de vrijheid van godsdienst in de praktische toepassing ervan.

Ook het feit dat de rechtbank niet bewezen acht dat er sprake is van belangenverstrengeling –de Rijksdienst voor de Monumentenzorg (RACM) in de persoon van orgeladviseur Rudi van Straten en dezelfde Van Straten als initiatiefnemer van het project om de Peter Gerritszorgelkas te verenigen met het binnenwerk– wordt door bezwaarmakers bestreden.

In 2007 weigerde het Middelburgse college een sloopvergunning af te geven, terwijl die in 2009 wel is verstrekt. Volgens gemeenteraadsleden is dat voor niemand te volgen.