Opkomen voor onderdrukten en strijden tegen foute regimes pasten precies bij het soms wat tegendraadse karakter van de oud-politicus. Als PvdA-Kamerlid (1963-1965 en 1967-1973) week hij bij stemmingen drie keer van de fractielijn af. Zo stemde hij tegen een motie over het stopzetten van de bombardementen op Noord-Vietnam, tegen een motie over het afzien van de voorgenomen groei van het defensiebudget en tegen een motie over uitstel van de modernisering van kernwapens.

Hij schreef in dezelfde tijd voor de Raad van Europa een vernietigend rapport over het Griekse kolonelsregime (1967-1974), dat ertoe bijdroeg dat Griekenland eind 1969 uit die raad verdween. In 1973 bekritiseerde Van der Stoel in NAVO-verband de Griekse dictatuur, toentertijd een ongehoorde actie tegen een bondgenoot.

De vrijzinnig democraat was van 1973 tot 1977 minister van Buitenlandse Zaken in het kabinet-Den Uyl. Ook toen ging hij zijn eigen weg. In 1975 zag hij bijvoorbeeld af van een bezoek aan Saudi-Arabië af, omdat aan de Joodse journalist J. van Wesel een visum was geweigerd.

Tegen de trend in zijn partij in koos hij destijds vóór lid blijven van de NAVO. Ook was hij vóór plaatsing van kruisraketten. Radicale Nieuw Linksers in de PvdA vonden het moeilijk te pruimen dat hij in de communistische DDR niet het betere Duitsland zag.

Tot op hoge leeftijd bleef hij een onafhankelijke positie innemen in de PvdA. Zo adviseerde hij de fractie in het voorjaar van 2003 de Amerikaanse inval in Irak toch politiek te steunen.

Van der Stoel heeft tijdens zijn leven een imposante carrière opgebouwd. Behalve Kamerlid en tweemaal minister was hij staatssecretaris van Buitenlandse Zaken (1965-1966), lid van het Europees Parlement (1971-1973), permanent vertegenwoordiger van Nederland bij de VN (1983-1986) en lid van de Raad van State (1986-1993).

Daarnaast was VN-rapporteur over de mensenrechtensituatie in Irak (1991-1999), hoge commissaris inzake de nationale minderheden bij de Conferentie voor Veiligheid en Samenwerking in Europa (1993-2001) en vanaf 2001 nog een tijdje speciaal adviseur voor Macedonië van EU-buitenlandcoördinator Solana. Sinds 1991 was hij –voor het leven– minister van Staat.

Premier Kok vroeg hem in 2001 de vader van Máxima, J. Zorreguieta, ervan te overtuigen niet naar Den Haag te komen tijdens het huwelijk van zijn dochter en prins Willem-Alexander. Zijn biograaf Bleich schreef vanmorgen in de Volkskrant dat hij zich „kalm en vastberaden” van die taak kweet.

Het kabinet kandideerde hem in 1999 voor de Nobelprijs voor de vrede. Na zijn afscheid uit de politiek stelde de regering een internationale Max van der Stoel-Mensenrechtenprijs in.

Van der Stoel werd in 1999 benoemd tot ridder in de Huisorde van de Gouden Leeuw van Nassau. Hij was de eerste die in deze orde werd onderscheiden na de benoeming van generaal C. J. Snijders tot ridder in deze orde op 29 september 1919.