Dergelijke ”orgelambassadeurs” kunnen meedingen naar de stimulerings- en innovatieprijs van de stichting, die mogelijk is gemaakt door het Dr. Hendrik Muller’s Vaderlandsch Fonds. Daarom heet de prijs: Sweelinck-Mullerprijs 2011. De prijs „kan worden toegekend aan een professionele muziekbeoefenaar of een groep musici, die een vernieuwende impuls weet te geven aan de orgelcultuur.”

Nederlandse organisten tot en met 40 jaar kunnen meedingen naar de prijs. Vóór 1 juni 2011 moeten ze hun plan, eventueel in samenwerking met anderen, insturen. Een deskundige jury beoordeelt de inzendingen en nomineert drie kandidaten voor de finale, op 3 december in het Amsterdamse Orgelpark, waar de drie hun plan in woord en spel kunnen presenteren. Vervolgens worden drie prijzen (5000, 2000 en 1000 euro) toegekend.

De inzendingen moeten gestuurd worden naar de secretaris van de Stichting Jan Pieterszoon Sweelinckprijs, ir. J. van der Gouwe, Weerestein 34, 2804 GH Gouda.

In november 2009 streden de finalisten Kirstin Gramlich, Chiel Jan van Hofwegen en Jacob Lekkerkerker in het Orgelpark om de Sweelinck-Mullerprijs 2009. Lekkerkerker won toen de eerste prijs.