Het orgel, in 1780 gebouwd door de Monnickendamse orgelbouwer Johann Michael Gerstenhauer, bevat nog pijpwerk uit het begin van de zestiende eeuw en geldt daarmee als een van de oudste orgels van Nederland. Het tweeklaviers instrument telt 36 stemmen.

Nog tijdens de restauratie van de Grote Kerk is een begin gemaakt met het restaureren en schoonmaken van het Gerstenhauerorgel, uitgevoerd door de firma Reil uit Heerde. De vier balgen zijn gerepareerd en weer in gebruik genomen, de oorspronkelijke trapinstallatie is hersteld. Ook is de registermechaniek onder handen genomen en is de pedaalmechaniek volledig vernieuwd.

Hoewel de restauratie nog niet volledig is afgerond en de officiële ingebruikname zal plaatsvinden in het voorjaar 2011, zal het orgel toch bij de kerstnachtdienst op vrijdag 24 december al te horen zijn. Organist Wim Dijkstra zal het orgel bespelen.