Het fundament voor de Reformatie in Schotland werd onder meer gelegd door de jonge, in lutherse geest prekende predikant Patrick Hamilton en de wat oudere Georg Wishart. Beiden kwamen (in respectievelijk 1528 en 1546) op de brandstapel in St. Andrews om.Een preek van de ex-priester John Knox, waarin deze de verschillen uiteenzette tussen het rijk van Christus en het rijk van de antichrist, ontketende onbedoeld een ware beeldenstorm.

Toen het parlement in Edinburgh vergaderde, was de invloed van de protestanten zo groot geworden dat zij de ”Confessio Fidei Scoticana” (Schotse Confessie) mochten voorlezen. Deze eerste gereformeerde geloofsbelijdenis in Schotland werd op 17 augustus 1560 aangenomen en bekrachtigd. De kerk van de Hervorming was daarmee de nationale kerk van Schotland geworden, staande onder bescherming van de overheid.

Na afloop van de meerdaagse parlementsvergadering hield John Knox in de St. Giles’ Cathedral te Edinburgh een dankdienst. Hij preekte over de profeet Haggaï. De adel en het grootste deel van het parlement waren in deze dienst aanwezig. Velen raakten onder de indruk van deze preek.

In zijn gebed dankte Knox voor de verlossing van Gods volk uit boze tirannie en afgoderij. Hij verwees naar Abraham, David, Josafat en Ezechiël, die God ook dankten voor Diens bevrijdend ingrijpen. Knox bad of andere naties, gesterkt door het voorbeeld van Schotland, nu ook het goddeloze juk van de afgoderij zouden afwerpen en zo de verlangde rust en vrede mochten ontvangen.

Toen in 1592 de Kerk van Schotland staatskerk werd, bleef de Schotse Confessie de officiële confessionele standaard. Met de aanvaarding van de Westminster Confessie in 1647 raakte de Schotse Confessie steeds meer op de achtergrond. Tot 1688 bleef ze officieel geloofsdocument van de Schotse kerken.