1. Ontslagrecht
De problemen voor dit kabinet begonnen eigenlijk al enkele maanden na de start in 2007. De PvdA-fractie in de Tweede Kamer stelde op 11 september van dat jaar grote problemen te hebben „met de kern” van het plan van minister Donner van Sociale Zaken (CDA) om het ontslagrecht aan te passen. Ook coalitiegenoot ChristenUnie was zeer kritisch over de voorstellen. In de weken hierna loopt het conflict hoog op wat leidt tot een langdurige crisissfeer in het kabinet. Om de kou rond het ontslagrecht uit de lucht te halen, stelt het kabinet tenslotte een commissie in. De angel lijkt uit het conflict te zijn gehaald nadat minister Donner, vakcentrale FNV en werkgeversorganisatie VNO-NCW het in 2008 toch eens worden over de beperking van de ontslagvergoeding voor hogere inkomens. Maar enkele weken geleden leidde dit plan opnieuw tot politieke strubbelingen.2. Embryoselectie
In de zomer van 2009 leidt een Kamerbrief van PvdA-staatssecretaris Bussemaker (Volksgezondheid) opnieuw tot bijzonder hete hoofden in het kabinet. Hierin schrijft ze de mogelijkheden voor embryoselectie te willen verruimen. Vicepremier Rouvoet (ChristenUnie) reageert furieus en verklaart dat embryoselectie in strijd is „met de geest” van het regeerakkoord dat PvdA, CDA en ChristenUnie met elkaar hadden gesloten. Het kabinet besluit tot instelling van een medisch-ethische commissie die moet adviseren over toepassing van embryoselectie bij erfelijke ziekten. Ook leidt de discussie ertoe dat in de toekomst embryoselectie mag plaatsvinden bij bepaalde erfelijke vormen van kanker.

3. Crisismaatregelen
Het beraad over maatregelen om de gevolgen van de economische crisis te pareren loopt begin 2009 vertraging op. De onderhandelingen hierover geraken bijna in een impasse door de vraag hoeveel er bezuinigd moet worden als gevolg van de recessie. PvdA en CU willen eerst stimuleren en pas later ingrijpen. Het CDA daarentegen weigert de schulden van de overheid verder te laten oplopen en wil daarom eerder bezuinigen. Uiteindelijk wordt een compromis bereikt waarmee in 2011 -het laatste jaar van de reguliere kabinetsperiode- wordt gestart met bezuinigen, afhankelijk van de mate van economisch herstel. Ook geeft het kabinet aan de AOW-leeftijd te willen verhogen.

4. JSF
In april 2009 wordt een kabinetscrisis om het gevechtsvliegtuig JSF maar ternauwernood afgewend. De PvdA stelt aanvankelijk glashard geen aanschaf van de JSF-testtoestellen te tolereren. Die belofte deed de partij in 2006 al aan haar kiezers. In beraad dat diverse malen dreigt uit te lopen op een patstelling dwingen CDA en ChristenUnie hun coalitiepartner op haar schreden terug te keren. Dat compromis komt erop neer dat Nederland komend jaar toch een JSF-testvliegtuig laat bouwen, maar pas later beslist of dat vliegtuig ook wordt gekocht.

5. AOW-leeftijd
Het kabinetsbesluit in maart 2009 om de AOW-leeftijd te verhogen zet in de maanden erna de verhoudingen in de coalitie ernstig onder druk. Vooral omdat het kabinet tegelijkertijd besluit eerst de Sociaal Economische Raad (SER) de mogelijkheid te geven een alternatief aan te dragen. De SER komt echter niet tot een alternatief waarmee de hete aardappel terugkeert op het bord van de politiek. Na dagenlang intensief onderhandelen bereiken de coalitiepartijen in oktober 2009 een akkoord over het verhogen van de AOW-leeftijd van 65 naar 67 jaar in twee stappen.

6. De oorlog in Irak
De politieke steun die het demissionaire kabinet-Balkenende I (CDA, VVD, LPF) in 2003 besluit te geven aan een Amerikaanse inval in Irak hangt van meet af aan als een zwaard van Damocles boven Balkenende IV. Hoewel de coalitiepartijen in 2007 mondeling afspreken dat er gedurende deze kabinetsperiode geen parlementair onderzoek zal worden gedaan naar de oorlog in Irak, stemt Balkenende onder druk van vooral de PvdA in de Eerste en de Tweede Kamer in 2008 toch in met het instellen van een commissie. Deze commissie-Davids presenteert op 12 januari van dit jaar haar conclusies. Een eerste reactie die Balkenende geeft op de uitkomsten van dit onderzoek doet volgens de PvdA geen recht aan het werk van de commissie, wat bijna de val inluidt van het kabinet. Uiteindelijk erkent het kabinet in zijn reactie dat het beter was geweest als de Tweede Kamer in de aanloop naar de inval in Irak verschillende malen meer informatie had gekregen, wat de politieke spanning wegneemt.