Op verzoek van de verantwoordelijk minister van Landbouw had hij voorzitter José Manuel Barroso van de Europese Commissie een brief gestuurd waarin aangedrongen werd op een betere balans tussen ecologische waarden en economische belangen. In een spoeddebat in de Tweede Kamer zei Balkenende dinsdag dat hij het Nederlandse standpunt heeft verwoord en dat zijn brief niet moet worden gezien als een poging de richtlijnen waarop Natura 2000 is gebaseerd „af te zwakken". Een aantal partijen verweet de premier dat hij de regels voor natuurbescherming heeft geprobeerd te ondermijnen.Balkenende sprak dat tegen. Het is volgens hem bovendien „niet ongebruikelijk" dat hij op verzoek van een minister een onderwerp onder de aandacht brengt in Brussel.

Natura 2000 wordt een Europees netwerk van natuurgebieden dat ervoor moet zorgen dat het aantal planten– en diersoorten niet afneemt. In Nederland gaat het om 162 gebieden op land en de grote wateren.

Balkenende had in zijn brief aangegeven vooral moeite te hebben met het zogeheten voorzorgsbeginsel, een belangrijk element van Natura 2000. Op grond daarvan mogen er geen economische activiteiten in waardevolle natuurgebieden plaatsvinden als planten– en dierensoorten daaronder te lijden hebben. Door de strikte ecologische invalshoek van Natura 2000 dreigen ondernemers in sommige regio’s hun levensonderhoud te verliezen, waarschuwde de premier.