De oerpoliticus Bakker vond nu eenmaal dat je moest kiezen, ook al was het klassenkarakter van de maatschappij misschien niet meer zo helder als vroeger. Maar toen GroenLinks de bombardementen op Belgrado en andere Servische steden steunde, zegde hij uit protest zijn lidmaatschap op.In 1943 werd Bakker lid van de (toen nog) verboden Communistische Partij Nederland. Hij kwam in 1956 in de Tweede Kamer voor de CPN, nadat hij enige jaren hoofdredacteur was geweest van het communistische dagblad De Waarheid. Veel meer dan zijn partijleider Paul de Groot was Bakker in de Kamer het gezicht van de CPN. Dat was in de hoogtijdagen van de Koude Oorlog. In zijn boek ’Wissels’ uit 1982 heeft Bakker het isolement waarin hij en zijn partijgenoten toen – direct na de inval van Sowjet–troepen in Hongarije – verkeerden, uitvoerig beschreven. Er werd door Kamerleden van andere fracties maandenlang niet meer met hun CPN–collega’s gesproken.

Bakkers eigen politieke mores blonken in die dagen ook niet uit in voorkomendheid. In de interne partijtwisten die de CPN in 1958 verscheurden, schreef hij een berucht geworden rapport waarin hij er niet voor terugdeinsde het verzetsverleden van zijn tegenstanders in de partij in twijfel te trekken. Het rapport speelde in de jaren ’80 nog een hoofdrol in de democratisering van de CPN, toen het symbool stond voor de stalinistische praktijken waarvan een jongere generatie communisten in die dagen afstand wilde nemen. Dat lukte pas na 1982, toen Bakker zijn Kamerlidmaatschap opgaf.

Aan het isolement van Bakkers parlementaire beginjaren was toen al lang een einde gekomen. Bakker was inmiddels fractievoorzitter van de CPN en dwong vanaf de jaren ’60 bij vriend en vijand steeds meer respect af als een scherp en humoristisch debater. Collega–Kamerleden beschouwden hem aan het eind van zijn parlementaire loopbaan zelfs als een groot kenner van de rechten van de Tweede Kamer tegenover de regering die hij – soms namens vrijwel de gehele Kamer – met verve verdedigde. Alleen de VVD protesteerde begin jaren ’90 tegen het voornemen in het nieuwe onderkomen van de Tweede Kamer ook een zaaltje naar de CPN–voorman te vernoemen.

Bakker heeft zich, hoewel velen daar buiten maar ook binnen de CPN op aandrongen, nooit willen verontschuldigen voor de verbondenheid van zijn partij met het rond 1990 ingestorte “reëel bestaande socialisme” in de voormalige Sowjet–Unie en andere Oost–Europese staten. Altijd wees hij dan op de “oorlogszucht” van het Amerikaanse kapitalisme dat er als aanvoerder van de NAVO in zijn ogen altijd op uit was het communistische alternatief in de Sowjet–Unie te ondermijnen, onder meer door de herbewapening van de Bondsrepubliek Duitsland.

Dat GroenLinks in het voorjaar van 1999 de NAVO–bombardementen op Kosovo en het voormalige Joegoslavië steunde, deed voor hem de deur dicht. Bakker zegde zijn lidmaatschap op. Donderdag overleed hij op 86–jarige leeftijd als partijloos burger.